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심화2026.08.11 · 백호 택스

이월결손금이 있는 회사의 순손익액은 어떻게 계산할까? (심화 1편)

결손금이 쌓인 회사에서 생기는 질문

사업을 하다 보면 손실이 나는 해가 있습니다. 그 손실은 그 해로 사라지지 않고, 이후 이익이 나는 해의 과세표준에서 공제할 수 있습니다. 이를 이월결손금이라고 합니다. 법인은 2020년 1월 1일 이후 개시한 사업연도에 발생한 결손금을 15년간 이월해 공제받을 수 있습니다(그 이전 발생분은 10년).

그런데 이월결손금이 쌓인 회사의 주식을 평가하려는 순간 질문이 하나 생깁니다. 순손익가치를 계산할 때 쓰는 순손익액을 산정하면서, 이월결손금을 고려해야 할까요?

결론부터 말씀드리면 이월결손금은 순손익액을 계산할 때 반영하지 않습니다. 그런데 이 한 줄이 실무에서는 생각보다 큰 차이를 만듭니다. 순손익액을 구할 때 각 사업연도 소득에서 법인세액을 차감하는데, 이때 차감할 법인세액이 회사가 실제로 납부한 세액과 달라지기 때문입니다.

순손익가치의 전체 계산 구조는 4편에서 다뤘습니다. 이번 편에서는 그중 이월결손금이 있을 때만 생기는 갈림길 하나를 파고들어 보겠습니다.

차감하는 법인세액은 이월결손금 공제 '전' 소득 기준이다

순손익액은 법인세법상 각 사업연도 소득을 기초로, 해당 사업연도의 법인세액을 차감하는 등 여러 항목을 가감해 계산합니다. 그렇다면 이때 차감하는 법인세액은 어떤 기준으로 계산할까요?

회사가 실제로 납부한 법인세액은 이월결손금을 공제한 의 과세표준을 기준으로 산출됩니다. 그러나 비상장주식 평가에 쓰는 순손익액을 계산할 때는, 이월결손금을 공제하기 의 각 사업연도 소득에 대하여 납부할 법인세액을 차감합니다.

전문가 노트 상속세및증여세법 기본통칙 63-56…9 【순손익액에서 차감하는 법인세액 등】은 해당 사업연도의 법인세액을 각 사업연도 소득에 대하여 납부하였거나 납부하여야 할 법인세액, 토지등 양도소득에 대한 법인세액, 미환류소득에 대한 법인세액, 법인세 부가세액, 법인세 감면세액에 대한 농어촌특별세액으로 정하고 있습니다. 이 경우 각 사업연도 소득은 이월결손금을 공제하기 전의 소득을 말합니다.

숫자로 보면 차이가 분명해진다

법인세율을 20%로 단순 가정한 사례로 확인해 보겠습니다.

법인세 신고 내역은 이렇습니다.

  • 각 사업연도 소득 10억원
  • 이월결손금 6억원
  • 과세표준 4억원 (10억원 − 6억원)
  • 산출세액 8천만원 (4억원 × 20%)

이 회사가 실제로 납부한 세액은 8천만원입니다. 그러나 순손익액을 계산할 때 각 사업연도 소득에서 차감하는 법인세액은 2억원(10억원 × 20%)입니다. 이월결손금 6억원을 공제하지 않았다고 가정하고 세액을 다시 계산한 금액입니다.

실제 납부액보다 1억 2천만원을 더 차감하게 되므로, 그만큼 순손익액이 작아지고 순손익가치도 낮아집니다.

왜 이월결손금을 반영하지 않는가

순손익가치는 "이 회사가 계속 사업을 한다고 가정할 때 앞으로 얼마나 벌 수 있는가"를 최근 3년 실적으로 추정하는 개념입니다. 보려는 것은 회사의 최근 수익성입니다.

그런데 이월결손금은 최대 15년 전에 발생한 손실까지 공제 대상이 됩니다. 15년 전의 손실 때문에 올해 세금이 줄었다는 사실을 그대로 반영하면, 최근 3년의 수익성을 재려던 지표에 아주 오래된 변수가 섞여 들어가 왜곡이 생깁니다. 그래서 세액을 계산할 때 이월결손금 공제라는 변수를 걷어내고, 그 해의 소득만으로 세 부담을 다시 계산하는 것입니다.

조문은 모호했고, 대법원이 정리했다

사실 현행 상속세및증여세법은 '해당 사업연도의 법인세액'을 각 사업연도 소득에서 차감하라고만 규정하고 있습니다. 이 금액이 이월결손금을 공제한 뒤 실제로 납부하는 법인세액인지, 이월결손금을 공제하기 전 각 사업연도 소득에 대한 법인세액인지는 조문만으로 명확하지 않았습니다.

다만 국세청의 유권해석을 모아놓은 기본통칙이 위와 같이 정하고 있어, 실무는 오랫동안 이를 근거로 이월결손금 공제 전 기준으로 계산해 왔습니다. 그리고 최근 이 쟁점이 정면으로 다투어진 사건에서 대법원도 같은 결론을 확인했습니다.

전문가 노트 대법원 2023. 6. 29. 선고 2019두56838 판결은 순손익액 산정 시 각 사업연도 소득에서 차감할 '당해 사업연도의 법인세액'을 이월결손금을 공제하기 전의 소득에 세율을 적용한 법인세액으로 해석하는 것이 타당하다고 판시했습니다.

여전히 남는 의문 — 공제·감면세액은 어느 기준인가

법인세는 대략 다음 과정을 거쳐 산출됩니다.

  1. 각 사업연도 소득 − 이월결손금 = 과세표준
  2. 과세표준 × 세율 = 산출세액
  3. 산출세액 − 공제·감면세액 = 결정세액
  4. 결정세액 − 기납부세액 = 차감납부세액

순손익액에서 차감하는 법인세액은 이 중 3)의 결정세액을 말합니다. 그렇다면 이월결손금이 있는 경우 결정세액은 어떻게 계산해야 할까요? 유권해석은 이월결손금이 있더라도 공제·감면세액이 있으면 이를 차감하라고 보고 있습니다.

전문가 노트 서면인터넷방문상담4팀-46(2007. 1. 4.)은 각 사업연도 소득에서 차감하는 법인세액을 각 사업연도 소득에 대하여 납부하였거나 납부하여야 할 법인세 총결정세액으로 보며, 이 경우 각 사업연도 소득은 법인세법 제14조에 따르므로 이월결손금을 공제하기 전의 소득을 말하고, 감면되는 법인세액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 법인세액(농어촌특별세 등 가감)에 의한다고 해석하고 있습니다.

문제는 여기서 차감할 공제·감면세액이 실제 법인세를 신고할 때의 공제·감면세액인지, 아니면 이월결손금을 공제하기 전 소득에 대한 산출세액에서 차감되어야 할 공제·감면세액인지에 대해서는 명확한 언급이 없다는 점입니다.

논리적으로는 후자가 일관됩니다. 산출세액을 이월결손금 공제 전 기준으로 다시 계산했다면, 거기서 빼는 감면세액도 같은 가정 위에서 계산하는 것이 자연스럽기 때문입니다. 그러나 세액공제는 이월공제가 가능하고 최저한세의 적용도 받는 등 변수가 많아, 이를 다시 계산하려면 상황마다 여러 전제를 세워야 합니다. 이는 실무적으로 상당히 까다로운 부분입니다.

실무에서 주의할 점

이월결손금이 있는 회사를 평가할 때는 다음 세 가지를 확인해야 합니다.

법인세 신고서상 실제 납부세액을 그대로 쓰면 안 됩니다. 이월결손금 공제로 줄어든 세액이 아니라, 이월결손금을 공제하지 않았다고 가정했을 때의 법인세액을 별도로 산출해야 합니다. 지방소득세도 같은 기준으로 다시 계산합니다.

각 사업연도별로 따로 판단해야 합니다. 순손익액은 3년치를 각각 구하므로, 연도마다 이월결손금 공제 여부와 금액을 확인하고 그 해에만 조정 계산을 적용해야 합니다.

이월결손금 자체를 순손익액에서 빼지 않아야 합니다. 출발점인 각 사업연도 소득이 이미 이월결손금 공제 전 금액이므로, 여기서 이월결손금을 한 번 더 차감하면 이중으로 반영됩니다.

세 가지 모두 3년치 세무조정계산서를 나란히 놓고 연도별로 되짚어야 하는 작업입니다. 백호 택스 주식평가 계산기는 세무조정계산서에서 이월결손금 사용액이 확인되면 해당 연도의 법인세·지방소득세를 이월결손금 미사용 기준으로 다시 계산해 순손익액에 반영하므로, 어느 연도에 조정이 적용됐는지 계산 과정에서 함께 확인할 수 있습니다.

정리

  • 이월결손금은 순손익액 계산에 반영하지 않는다. 순손익액에서 빼는 대상이 아니다
  • 다만 각 사업연도 소득에서 차감하는 법인세액은 이월결손금 공제 전 소득을 기준으로 다시 계산한다. 실제 납부세액보다 커지고, 그만큼 순손익액은 작아진다
  • 조문 자체는 모호했지만 기본통칙과 대법원 2023. 6. 29. 선고 2019두56838 판결이 이 해석을 확인했다
  • 공제·감면세액을 어느 기준으로 차감할지는 여전히 명확하지 않아, 사안에 따라 전문가의 판단이 필요하다

더 궁금하실 만한 질문들

Q. 이월결손금이 많으면 주식 평가액이 낮아지나요?

이월결손금이 많다는 사실 자체가 평가액을 낮추지는 않습니다. 순손익액 계산에 반영되지 않기 때문입니다. 다만 이월결손금이 쌓였다는 것은 과거에 손실이 있었다는 뜻이고, 그 손실이 최근 3년 안에 발생한 것이라면 해당 연도의 순손익액이 음수로 반영되어 가중평균액이 낮아집니다. 결국 손실이 언제 발생했는지가 관건입니다.

Q. 실제로 낸 세금보다 더 많은 금액을 차감하면 손해 아닌가요?

차감액이 커지면 순손익액과 평가액이 낮아지므로, 증여나 양도를 하는 입장에서는 오히려 유리하게 작용하는 경우가 많습니다. 다만 평가액이 낮은 것이 항상 유리한 것은 아니어서, 거래 구조에 따라서는 반대로 불리할 수도 있습니다. 어느 쪽이든 정확히 계산해두는 것이 먼저입니다.

Q. 법인세 신고서만 보고 순손익액을 계산할 수 있나요?

신고서에 표시된 납부세액은 이월결손금 공제가 반영된 금액이라 그대로 쓰면 계산이 어긋납니다. 이월결손금을 공제하지 않았을 때의 과세표준을 산출하고, 여기에 세율을 적용해 법인세액을 다시 계산해야 합니다.

Q. 3년 중 이월결손금을 쓴 해와 쓰지 않은 해가 섞여 있으면요?

조정은 이월결손금을 실제로 공제한 연도에만 적용합니다. 공제가 없었던 연도는 신고서상 결정세액을 그대로 차감하면 되고, 공제가 있었던 연도만 이월결손금 미공제 기준으로 세액을 다시 계산해 순손익액을 구한 뒤, 3년치를 3:2:1로 가중평균합니다.


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